| Постоянная ссылка (СИД2) |
J2077330465 |
| Название |
Анализ ДНК-метабаркодирования грибного сообщества древесины винограда на территории Краснодарского края и Крыма |
| Автор |
Блинова С. А. |
| Автор |
Шварцев А. А. |
| Автор |
Алексеев Я. И. |
| Автор |
Странишевская Е. П. |
| Автор |
Ильницкая Е. Т. |
| Автор |
Макаркина М. В. |
| Автор |
Соловьев А. А. |
| Источник |
Экологическая генетика |
| Страницы/Объём |
89-100 |
| Сокращ. назв. источника |
Экол. генет. |
| Год |
2022 |
| Том |
20 |
| Номер |
2 |
| Адрес в Интернет |
http://elibrary.ru/item.asp?id=49751660 |
| Постоянная ссылка (СИД) |
J20773304 |
| Ключевые слова (авторские) |
анализ данных%виноград%классификация%локус ITS%локус LSU%локус |
| Место хранения |
ЦНИО |
| Дата регистрации в ВИНИТИ |
17.10.2022 |
| Язык текста |
русский |
| Аннотация |
Виноград - экономически важное сельскохозяйственное растение, поэтому исследования микробиоты растений и ризосферы виноградников становятся все более актуальными в последнее десятилетие. Важность таких исследований также в том, что виноград является многолетней долгоиспользуемой культурой. В исследовании представлены результаты анализа метабаркодирования ДНК грибного сообщества образцов древесины винограда, отобранных из виноградных насаждений Краснодарского края и Южного берега Крыма, а также рассмотрены подходы к анализу данных ДНК-метабаркодирования. Наиболее информативным классификатором метагеномных данных оказался основанный на машинном обучении Naïve base ("sklearn") по сравнению с выравниванием BLAST+ и глобальным выравниванием Vsearch. Наибольшее количество таксонов удалось выявить, анализируя локусы ITS, что подтвердилось на всех используемых в работе типах классификаторов. Помимо количества таксонов, праймеры на локус ITS показали высокую специфичность в отношении ДНК грибов, в сравнении с локусами LSU и SSU. Наиболее распространенными из выявленных представителей царства грибов оказались рода: Acidea, Alternaria, Cladosporium и Fusarium. Установлены достоверные различия при оценке альфа- и бета-разнообразия при анализе образцов из разных регионов. Представлен анализ грибного сообщества исследуемых виноградников, а также подходы к классификации ASV. Это исследование стало первым, описывающим эндофитные грибные сообщества виноградной лозы Краснодарского края и полуострова Крым с использованием анализа данных ДНК-метабаркодирования |
| Тематический раздел |
Биология |
| Издательский номер в РЖ |
23.02-04Я3.137 |
| Шифр ГРНТИ |
34.23.57 |
| Ключевые слова |
виноград; микробиота; грибные сообщества, состав; метагеном, штрихкодирование; локус ITS |
|